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司马迁生卒年代，史无明文。近人王国维《太史公行年考》认为司马迁生于汉景帝中元五年(前145年，大约卒于汉昭帝始元元年(前86年)，享年56岁。据说司马迁家自唐虞至周，都是世代相传的历史家和天文家。司马错是秦惠王时伐蜀的名将，司马昌是秦始皇的铁官，到了司马迁的父亲司马谈，又做汉武帝的太史令，恢复了祖传的史官恒业。
司马迁的少年时代，“耕牧河山之阳”。司马迁在这“山环水带，嵌镶蜿蜒”(《韩城县志序》)的自然环境里成长，既被山川的清淑之气所陶冶，又对民间生活有一定体验。
十岁，司马迁随父亲至京师长安，得向老博士伏生、大儒孔安国学习;家学渊源既深，复从名师受业，启发诱导，获益不浅。这个时候，正当汉王朝国势强大，经济繁荣，文化兴盛的时候，张骞奉使通西域，卫青、霍去病大破匈奴，汉武帝设立乐府……;也是司马迁在京城里丰富见闻，热情迸发的时候。
大约二十岁，司马迁开始外出游历——“南游江、淮，上会稽，探禹穴，窥九疑，浮于沅、湘，北涉汶、泗，讲业齐、鲁之都，观孔子之遗风，乡射邹、峄，厄困鄱、薛、彭城，过梁楚以归。”回到长安以后，做了皇帝的近侍郎中，随汉武帝到过平凉、崆峒，又奉使巴蜀，他到得最南边是昆明。
元封元年(前110年)，汉武帝举行大规模的巡行封禅，步骑十八万，旌旗千余里，浩浩荡荡。司马迁的父亲司马谈是史官，本应从行，但病死在洛阳。司马迁接受了父亲的遗志，赶到泰山，参加封禅，随后沿着东海，绕道长城塞外回到长安。
元封三年(前108年)，司马迁三十八岁时，正式做了太史令，有机会阅览汉朝宫廷所藏的一切图书、档案以及各种史料的机会，他一边整理史料，一边参加改历。等到太初元年(前104年)，我国第一部历书《太初历》完成，他就动手编写《史记》。
天汉二年(前99年)，汉武帝派贰师将军李广利带兵三万，攻打匈奴，打了个大败仗，几乎全军覆没，李广利逃了回来。李广的孙子李陵当时担任骑都尉，带着五千名步兵跟匈奴作战。单于亲自率领三万骑兵把李陵的步兵团团围困祝尽管李陵的箭法十分好，兵士也十分勇敢，五千步兵杀了五六千名匈奴骑兵.单于调拨更多的兵力，然而仍然无力与李陵相抗衡。就在单于准备退军之时，李陵手下有一名士兵叛变，将李陵内部军情告发。告诉单于李陵后面没救兵，而且教单于部下制作连-发连射的弓箭。单于于是继续与李陵作战。最后李陵寡不敌众，只剩了四百多汉兵突围出来。李陵被匈奴逮住，投降了。
大臣们都谴责李陵不该贪生怕死，向匈奴投降。汉武帝问太史令司马迁，听听他的意见。
司马迁说：“李陵带去的步兵不满五千，他深入到敌人的腹地，打击了几万敌人。他虽然打了败仗，可是杀了这么多的敌人，也可以向天下人交代了。李陵不肯马上去死，准有他的主意。他一定还想将功赎罪来报答皇上。”
汉武帝听了，认为司马迁这样为李陵辩护，是有意贬低李广利(李广利是汉武帝宠妃的哥哥)，勃然大怒，说：“你这样替投降敌人的人强辩，不是存心反对朝廷吗?”他就把司马迁下了监狱，交给廷尉审问。司马迁被关进监狱以后，案子落到了当时名声很臭的酷吏杜周手中，杜周严刑审讯司马迁，司马迁忍受了各种肉体和精神上的残酷折磨。面对酷吏，他始终不屈服，也不认罪。司马迁在狱中反复不停地问自己“这是我的罪吗?这是我的罪吗?我一个做臣子的，就不能发表点意见?”不久，有传闻说李陵曾带匈奴兵攻打汉朝。汉武帝信以为真，便草率地处死了李陵的母亲、妻子和儿子。司马迁也因此事被判了死刑。第二年汉武帝杀了李陵全家，处司马迁以宫刑。腐刑是个大辱，污及先人，见笑亲友。司马迁在狱中，又备受凌-辱，“交手足，受木索，暴肌肤，受榜棰，幽于圜墙之中，当此之时，见狱吏则头抢地，视徒隶则心惕息。”(司马迁《报任安书》)几乎断送了性命。他本想一死，但想到自己多年搜集资料，说：“人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛。”。要写部有关历史书的夙愿，因此为了完成《史记》的写作，忍辱负重，苟且偷生，希图出现一线转机。
太始元年(前96年)汉武帝改元大赦天下。这时司马迁五十岁，出狱后当了中书令，在别人看来，也许是“尊宠任职”，但是，他还是专心致志写他的书。直到征和二年(前91年)全书完成，共得130篇，52万余言。